Respecto de los módulos cabe destacar que existen una serie de restricciones y que no se pueden aplicar a todas las actividades. No es necesario, a diferencia de la estimación directa, llevar un registro de facturas emitidas y recibidas, pero si será obligatorio conservarlas por un periodo mínimo de 4 años para futuras comprobaciones por parte de Hacienda. Si que habrá que llevar un registro, por contra, de los bienes de inversión que se amorticen. Las liquidaciones trimestrales no se realizan en base al IVA soportado y deducido sino que existen unos pagos fraccionados que hay que liquidar independientemente de si la actividad presenta pérdidas o beneficios. Este punto anima a los autónomos a huir de este modo de tributación en épocas de pérdidas o de bajos ingresos ya que esta caída de ingresos no permite reducir la carga impositiva en la actividad.

Vamos a verlo con un sencillo ejemplo:

Pongamos por ejemplo un salón de belleza. Esta actividad puede tributar en el sistema de módulos. En este caso tendrá que hacer dos autoliquidaciones (IVA e IRPF) cuyos importes serán siempre fijos. Si la actividad cae y los ingresos bajan, el importe será siempre el mismo. Si la actividad pasara a tributar por el régimen de estimación directa nos encontramos que a menores ventas, menor IVA repercutido, por lo que podremos compensar el IVA soportado con ese IVA repercutido y el resultado de la autoliquidación sería mucho menor, lo que sin duda ayudaría a la economía de la actividad. Mismo caso con el IRPF, al bajar los ingresos se compensaría con los gastos deducibles y el resultado de la autoliquidación también sería menor.